Présentation de la société : INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT (INRAE)

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Missions

Vous exercerez votre activité au sein la plateforme bioinformatique pour les arthropodes et agroécosystèmes (BIPAA) . Cette plateforme offre déjà des services pour les biologistes appartenant à plusieurs réseaux de recherche nationaux. Depuis plusieurs années, elle gère un environnement collaboratif, permettant à une large communauté scientifique d'effectuer des analyses génomiques complexes et d'explorer, et d’intégrer des jeux de données « omiques ». Ainsi, en collaboration avec les 3 ingénieurs travaillant à plein temps sur la plateforme BIPAA, et familiers des activités de services pour une large communauté, vous élaborerez et piloterez la plateforme bioinformatique pour la viromique du département SPE.

Vous rejoindrez également l’équipe Virologie de l’UMR Biologie du Fruit et Pathologie (BFP, INRAE Bordeaux) qui rassemble diverses compétences en virologie et développe en particulier des recherches en viromique (écologie virale, diagnostic) s'appuyant sur le séquençage haut débit (HTS, High Throughput Sequencing) .

Dans ce cadre, vous piloterez une plateforme bioinformatique pour mettre à disposition des outils et des données structurées pour la communauté des scientifiques expert de l’analyse des viromes. Vous développerez des outils bioinformatiques innovants et performants permettant de décrire et d’analyser la diversité virale dans de très nombreux jeux de données de séquences en particulier métagénomiques et/ou métatranscriptomiques.

Vous assurerez le déploiement des services et outils élaborés au travers de formations au niveau du département SPE (et au-delà si besoin) pour faciliter l’usage en autonomie des utilisateurs.

Vous exploiterez ces outils en participant à des études variées menées par des scientifiques de l’équipe Virologie de l’unité mixte de recherche (UMR) Biologie du Fruit et Pathologie (BFP) et du département Santé des Plantes et Environnement (SPE) .

Sous la supervision d’un comité de pilotage constitué par des représentants des équipes de virologie (plantes, insectes, champignons, nématodes) du département SPE, vous organiserez vos activités en 3 grands thématiques :

• Développement de méthodes pour la recherche en viromique :

En partenariat avec les virologues de SPE et en étroite collaboration avec les équipes de recherche en bioinformatique du centre INRIA de l’université de Rennes et de l’IRISA et avec le laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) , vous participerez aux développements et aux tests de méthodes innovantes pour repérer des virus d’intérêt dans un très grand nombre de jeux de données de séquences. Vous reconstruirez leur génome et caractériserez les variations structurales de ces virus et étudierez leur prévalence en association avec des caractéristiques écologiques à l’aide de réseau de cooccurrence ou à des facteurs environnementaux. Vous développerez également de nouveaux outils d'analyse de la diversité virale en utilisant notamment les données structurales et l'intelligence artificielle.

• Plateforme de bioinformatique pour la viromique :

En partenariat avec les ingénieurs de la plateforme BIBAA «Bioinformatique pour les arthropodes des agroécosystèmes » et en étroite collaboration avec le CATI INRAE BARIC (Bioinformatique pour l’Analyse, la Représentation et l’Intégration de Connaissance) , vous serez en charge de mettre en place des services permettant de déployer, mettre en œuvre, et maintenir les outils existants pour décrire la diversité virale, et si besoin, d’augmenter la performance de ces outils pour permettre le traitement de données massives.

Vous développerez des workflows automatisés accessibles à la communauté pour reconstituer et annoter des séquences virales. Vous produirez également des ressources permettant de réaliser des analyses phylogénomiques et phylogéographiques.

Vous assurerez la gestion, la sauvegarde et le traitement initial des données brutes issues des projets des collaborateurs de la plateforme, lorsque cela est nécessaire. Vous structurerez et intégrerez les données finalisées afin de les rendre interopérables et manipulables à travers des interfaces spécifiques.

Vous assurerez le bon fonctionnement de l’infrastructure matérielle et logicielle nécessaire à l’activité de la plateforme.

• Support à la communauté :

Vous mettrez en place des sessions de formations des outils élaborés au sein du réseau d’utilisateurs (et autres si nécessaire) .

Vous participerez aux recherches réalisées dans les différentes unités du département concernées par la viromique. Vous serez impliqué-e dans l’exploitation et l’analyse de données, la rédaction de publications et de projets scientifiques.

Profil recherché

Formation recommandée en informatique/bioinformatique.

Expériences souhaitées :

• Expérience des approches de métagénomique ou de métatranscriptomique
• Traitement de l’information (informatique et biostatistiques)

Savoir-faire :

• Génie Logiciel (connaissance approfondie)
• Concepts et architectures du système d’information et de communication
• Gestion et analyse des données HTS
• Capacité à interagir avec des biologistes et des informaticiens
• Maîtrises de langages de programmation Python et R
• Maîtrise de l’anglais scientifique (bibliographie, …)
• Connaissances en biologie (virologie, métagénomique) , en biostatistique et/ou en phylogénomique.

Savoir-être :

• Sens du travail en équipe et de l’organisation
• Autonomie
• Bonnes capacités de communication
• Sens critique