Présentation de la société : CNRS

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions

Sujet de thèse :
Le sujet de thèse a pour objectif de simuler les expériences d’imagerie par émission de fluorescence X, notamment pour des applications en biologie, de l’échelle de la cellule à celle du petit animal. Cette imagerie est quantitative : elle donne accès à la composition chimique avec une fine sensibilité. Cette information est déterminante, car la distribution des éléments chimiques inorganiques constitue un marqueur de nombreux mécanismes biologiques, qu’il est ainsi possible de mettre en évidence. Selon l’échelle étudiée (cellule, organe, petit animal) , différentes sources de rayonnements (protons, rayons X) d’énergie adaptée sont utilisées. Toutefois, l’obtention d’images quantitatives précises demeure un défi majeur, en raison de la complexité des phénomènes physiques et des processus de reconstruction. Le·la doctorant·e aura pour mission de développer un jumeau numérique (au sens général du terme) dédié à la simulation de ces expériences, avec pour objectif final d’optimiser les dispositifs expérimentaux et les méthodes de reconstruction d’images tomographiques, tout en minimisant la durée d’acquisition et la dose déposée.
Contexte :
Le·la doctorant·e évoluera dans un environnement de recherche interdisciplinaire, à l'interface Physique/Biologie/Informatique. Il·elle bénéficiera d'un co-encadrement assuré par Claire MICHELET, physicienne, Professeure au LP2IB, de Pascal DESBARATS, informaticien, Professeur au LaBRI, et de Jean Michel LÉTANG, Maître de Conférences à CREATIS (Lyon) . Le suivi de thèse sera organisé sous la forme de réunions hebdomadaires qui permettront d'orienter efficacement la progression.
Contexte du travail
Le·la doctorant·e évoluera dans un environnement de recherche interdisciplinaire, à l'interface Physique/Biologie/Informatique. Il·elle bénéficiera d'un co-encadrement assuré par Claire MICHELET, physicienne, Professeure au LP2IB, de Pascal DESBARATS, informaticien, Professeur au LaBRI, et de Jean Michel LÉTANG, Maître de Conférences à CREATIS (Lyon) . Le suivi de thèse sera organisé sous la forme de réunions hebdomadaires qui permettront d'orienter efficacement la progression.
Collaborations nationales :

Le projet de thèse repose sur un partenariat entre 3 laboratoires :

• Le Laboratoire de Physique des Deux Infinis Bordeaux (LP2IB) fait partie des laboratoires pionniers en micro-imagerie par émission X, notamment sur C. elegans, avec une ligne microfaisceau de protons dédiée et une expérience de longue date dans la simulation de spectres et d'images de tomographie par émission de rayons X ;
• Le Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) développe des méthodes originales de simulation à base déterministe, fondées notamment sur la bibliothèque gVXR, permettant la génération rapide de grandes quantités de données synthétiques. Le jumeau numérique développé dans la thèse, basé sur des fantômes numériques réalistes en conditions maî

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Contraintes et risques :
Lieu de travail : Gradignan avec la possibilité d'effectuer une partie de la thèse sur Lyon