Présentation de la société : CNRS

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions

Missions :
Vous intégrerez le groupe compbio@TrEE au laboratoire TIMC (voir contexte) en qualité d'Ingénieur d'Étude au CNRS pour contribuer à deux missions principales :

• mettre en place la pipeline d'analyse d'enzymes de la chaîne de transferts d'électrons dans le cadre du projet ANR ADAPT2Q https://anr.fr/Projet-ANR-23-CE44-0012
• gérer et maintenir les données de génomes utilisées par l'équipe et participer ponctuellement à la mise en place de travaux en groupe au sein de l'équipe

• collecte de séquences des enzymes d'intérêt auprès de nos collaborateurs
• mise en place d'une pipeline d'analyse des séquences protéiques de ces enzymes en plusieurs étapes :
• création et validation de profils HMM pour l'annotation de ces enzymes dans les génomes des bases de données
• annotation des génomes et recueil des séquences d'intérêt
• analyse de séquences (coévolution, clustering, alignement multiple)
• "mapping" de résultats sur la structure 3D des enzymes
• construction de phylogénie des enzymes
• traitement joint des données de phylogénie, de coévolution, de taxonomie et du type de quinones produites (annotations déjà disponibles)
• communication de l'avancée du projet et des résultats obtenus (création de figures sur la base des résultats, de rapports explicatifs et de présentations pour l'équipe et les collaborateurs)

• assurer la mise à jour et la maintenance de scripts Python et snakemake pour le téléchargement et l'homogénéisation de données de génomes publics ou privés utilisées par le groupe et pour le projet ADAPT2Q
• assurer la mise en place technique d'évènements ponctuels de l'équipe ("peer programming" et retraite bioinformatique) : recueil et mise en forme des données
• création de notices techniques et documentation en lien avec les ressources partagées (bases de données et serveurs de calcul)
• formation des membres du groupe aux bonnes pratiques mises en place dans l'équipe

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences :
Nous recherchons un(e) candidat(e) formé en bioinformatique et en biologie muni des compétences pour le développement de pipelines d'analyses de données biologiques massives.

Plus précisément, les compétences requises sont :

• bioinformatique et analyse de séquences
• langage Python
• scripting en bash/shell
• utilisation d'un environnement Linux
• utilisation de Git et github/gitlab,
• utilisation d'un serveur de calcul informatique