Présentation de la société : CNRS
Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.
Missions
Sujet de thèse :
Dans toutes les cellules vivantes, l'information génétique régit la production des protéines, éléments essentiels au bon fonctionnement cellulaire, par l’intermédiaire de l’ARN messager. La première réponse d'une cellule à un environnement changeant repose sur la régulation de l'abondance de cet ARN, soit par sa production, soit par sa dégradation.
Chez les plantes, l’altération de certains acteurs clés de la dégradation de l’ARN affecte sévèrement leur développement et leur résilience aux stress environnementaux. Cependant, les outils actuels permettant d’évaluer, comparer et quantifier cette dégradation restent limités à certains tissus et conditions, freinant la compréhension des mécanismes impliqués dans de nombreux contextes biologiques.
L'objectif de la thèse consistera dans un premier temps à proposer un modèle statistique de l'effet des différents mécanismes de dégradation sur la taille des fragments d'ARN pouvant être mesurés par séquençage direct de l'ARN, et de proposer des algorithmes d'inférence associés.
Dans un second temps, les mécanismes de dé-adenylation des molécules d'ARN, ayant lieu en amont de la dégradation de ces derniers, seront également modélisés par des approches stochastique afin de comprendre les interactions clefs entre les différents acteurs de la régulation du cycle de l'ARN.
En utilisant la plante modèle Arabidopsis thaliana, nous explorerons les mécanismes compensatoires mis en place lorsque des composants essentiels de la voie principale de dégradation sont défaillants, en particulier en réponse aux stress environnementaux.
Contexte :
La thèse s'inscrit dans le financement MITI 80prime Indegra Plantes en partenariat avec des biologites des plantes à Strasbourg et un biologiste de l'ARN en Australie.
Le ou la candidat.e commencera par étendre le logiciel déjà développer INDEGRA à d'autres mécanismes de dégradation, et proposera des approches de choix de modèle pour identifier les mécanismes les plus probables.
Des modèles Bayésiens pourront être considérés, permettant par exemple de séparer les effets de la dégradation technique des effets de la dégradation biologique.
De même, pour les mécanismes de de-Adenylation, le ou la candidat.e pourra s'appuyer sur des modèles déterministes préalablement proposés pour développer un modèle compréhensif stochastique et étudier les interactions entre les différents acteurs.
Conditions particulières d'exercice
Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.
Profil recherché
Contraintes et risques :
Rien à signaler