Présentation de la société : COLLÈGE DE FRANCE

Le Collège de France est un grand établissement public d’enseignement supérieur et de recherche.Institution unique en France et sans équivalent à l’étranger, le Collège de France répond à une double vocation : être à la fois le lieu de la recherche la plus audacieuse et celui de son enseignement.

Voué à la recherche fondamentale, le Collège de France possède cette caractéristique singulière : il réalise puis enseigne « le savoir en train de se constituer dans tous les domaines des lettres, des sciences ou des arts ».

Situé sur différents sites de Paris (place Marcelin Berthelot, rue du Cardinal Lemoine, rue d’Ulm, Belle Gabrielle) l’établissement héberge un millier de personnes : enseignants-chercheurs, chercheurs, doctorants et post-doctorants, ingénieurs et techniciens, bibliothécaires, administratifs.

Le Collège de France est membre associé de l'Université Paris Sciences et Lettres (PSL) .

Descriptif du service

Le Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (CIRB) , situé au Collège de France dans le centre de Paris, est une structure de recherche associant le Collège de France, le CNRS et l’INSERM.

Le Centre est composé de plusieurs équipes de recherche indépendantes dont les travaux s’intéressent à de multiples aspects de la biologie allant de la théorie, l’evo-devo, la microbiologie, la biologie cellulaire et le développement, le cancer, les maladies cardiovasculaires aux neurosciences. Il comprend plusieurs plateformes techniques de pointe en support de ces équipes, en particulier en imagerie et en expérimentation animale. Le CIRB continue à développer des interactions fortes avec des institutions de PSL, telles l’Ecole Normale Supérieure et l’Institut Curie, et fait partie du Labex Memolife.

Missions

Contexte
Notre laboratoire s'intéresse à la compréhension des événements génétiques précoces au cours de la spécification axiale chez les mammifères. En raison des difficultés à étudier ces processus dans l'embryon, nous utilisons un système de substitution in vitro qui reproduit ces étapes et nous fournit un matériel suffisant pour étudier l'élongation axiale à la fois au niveau moléculaire et cellulaire. Nous utilisons des méthodes de biologie moléculaire pour étudier l'état transcriptionnel des gastruloïdes en développement (bulk RNA-seq, scRNA-seq) , la chromatine en 2D (ATAC-seq, ChIP-seq) et la chromatine en 3D (Hi-C, Micro-C) . En outre, nous utilisons des techniques d'imagerie pour visualiser l'activité de certains gènes du développement.

Mission
Vous fournirez un soutien en bioinformatique et en analyse computationnelle dans le domaine de l'organisation de la chromatine au cours de la régulation des gènes au cours du développement au sein du laboratoire. Votre mission consiste à assister les membres du laboratoire dans ces analyses bioinformatiques à l'aide d'un serveur local Galaxy associé au laboratoire. En , vous ferez partie de la communauté mondiale dynamique et solidaire de Galaxy.

Connaissances et compétences

• Expérience dans l'analyse de grands ensembles de données génomiques et de bio-statistiques est souhaitable (c'est-à-dire Hi-C, Micro-C, scRNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq)
• Connaissance théorique et pratique de la programmation/biostatistique (R, bash, python)
• Une certaine connaissance de la biologie du développement et de la régulation des gènes serait un plus
• Bonne maîtrise de l'anglais

Profil recherché
Niveau d'études : Diplôme de troisième cycle (MSc/PhD) en biologie informatique, bioinformatique ou biostatistique

Une expérience dans l'un de ces domaines serait un plus

Profil recherché

Profil recherché
Niveau d'études : Diplôme de troisième cycle (MSc/PhD) en biologie informatique, bioinformatique ou biostatistique

Une expérience dans l'un de ces domaines serait un plus

Pour toute information supplémentaire ou scientifique, peut être obtenue directement à l’adresse mail du professeur Duboule: denis.duboule@college-de-france.fr